Ngày 19 tháng 04 năm 1976, thực hiện chủ trương của Đảng và Nhà nước về phát triển nông nghiệp, Tổng cục Hóa chất Việt Nam thuộc Bộ Công nghiệp nặng (nay là Bộ Công thương) đã thành lập Công ty Phân bón Miền Nam theo Quyết định số 426/HC – QĐ. Sau gần 50 năm ra đời, từ những ngày đầu đầy gian khó, Công ty đã từng bước được xây dựng, không ngừng phát triển và lớn mạnh, trở thành một Công ty phân bón hàng đầu Việt Nam.

Từ năm 1976 đến 1985, Công ty quản lý một số cơ sở sản xuất phân bón với sản lượng bình quân 50.000 tấn/năm bao gồm các sản phẩm: Phân hữu cơ dạng bột, phân Apatit nghiền, phân NPK hỗn hợp dạng bột. Đặc biệt, công ty là đơn vị đầu tiên sản xuất phân NPK dạng viên tại Việt Nam như NPK 3.3.3.18M, 5.10.3G. Trong những ngày đầu đất nước sau giải phóng với bộn bề khó khăn, thiếu thốn về máy móc, thiết bị và công nghệ lạc hậu, Công ty vẫn hoàn thành kế hoạch được giao bằng ý chí & quyết tâm vươn lên mạnh mẽ của cả tập thể CN-CNV, vẫn quyết tâm thực hiện hoàn thành kế hoạch được giao.

Năm 1986, khi đất nước chuyển mình đổi mới cùng với Đại hội VI của Đảng, nền nông, lâm nghiệp nước nhà có những bước chuyển đổi quan trọng về cơ cấu cây trồng với nhu cầu cao về các loại phân bón, Công ty được Nhà nước cho phép thành lập Nhà máy sản xuất Supe Lân tại khu công nghiệp Gò Dầu, huyện Long Thành, tỉnh Đồng Nai với công suất 100.000 tấn/năm, đáp ứng nhu cầu sử dụng sản phẩm Supe lân cho các tỉnh phía Nam.

Không ngừng đầu tư và phát triển về mọi mặt, qua từng thời kỳ, công ty đã khẳng định được uy tín, vị thế, thương hiệu trong lĩnh vực sản xuất và kinh doanh phân bón. Công ty đã xây dựng chiến lược trọng tâm là đầu tư vào nguồn nhân lực chất lượng cao, bồi dưỡng, nâng cao trình độ cho cán bộ, kỹ sư và công ngân viên; không ngừng đổi mới công nghệ, trang thiết bị, máy móc. Năm 2005, Công ty đã đầu tư mới dây chuyền axit 2 với sản lượng 40.000 tấn/năm, nâng cao công suất sản xuất axit lên 80.000 tấn/năm, phục vụ cho việc nâng sản lượng sản xuất super lân lên 200.000 tấn/năm và tham gia kinh doanh ngoài thị trường.

Năm 2007, thời điểm đánh dấu bước phát triển đột phá của Công ty, Nhà máy Phân bón Hiệp Phước khánh thành đưa vào sản xuất phân bón NPK cao cấp tạo hạt bằng hơi nước thùng quay hiện đại. Hiện tại, với hai dây chuyền trên 60.000 tấn/năm tại Nhà máy Phân bón Cửu Long, đáp ứng nhu cầu các sản phẩm NPK cho khu vực đồng bằng sông Cửu Long, Tây Nguyên và thị trường Campuchia. Sản phẩm phân bón của Công ty không những tiêu thụ trong nước mà còn xuất khẩu sang 21 nước trên thế giới, đặc biệt với những thị trường đòi hỏi cao về chất lượng như Nhật Bản, Hàn Quốc.

Năm 2010, Công ty chuyển đổi mô hình hoạt động sang Công ty cổ phần, trong đó Tập đoàn Hóa chất Việt Nam chiếm 65,05% vốn điều lệ. Với mô hình hoạt động mới, bằng sự năng động sáng tạo, dám nghĩ, dám làm của lãnh đạo Công ty, sự đoàn kết, ý chí tự lực của toàn cán bộ, đảng viên, công nhân viên và người lao động, hoạt động sản xuất kinh doanh của Công ty đã đi vào ổn định và phát triển bền vững.

Năm 2015, Công ty Cổ phần Phân bón Miền Nam ra mắt logo và bộ nhận diện thương hiệu mới, đánh dấu một chiến lược phát triển thị trường dài hạn, xứng đáng với tiềm năng và sự lớn mạnh không ngừng của Công ty trên trường Quốc tế.